目前，全院下设作物育种栽培研究所、林木果树研究所、设施园艺研究所、食用菌研究所、畜牧兽医研究所、生态环境保护研究所、农业科技信息研究所(数字农业工程与技术研究中心)、生物技术研究所、农产品质量标准与检测技术研究所、上海市农业生物基因中心等10个研究机构， 1个综合服务中心和1个综合试验站。拥有17个国家级和部级科技创新平台和成果转化平台，8个市级科技平台。馆藏各类中外书刊30余万册。
全院现有在职职工836名，其中专业技术人员592名，国家及地方领军人才16名，高级专业技术职务科技人员240名(研究员103名)，硕、博士453名(博士197名)，享受国务院特殊津贴专家71名，拥有博士后科研工作站1个;形成了粮油作物种质创新与推广应用、园艺作物新品种选育与高效栽培、食用菌种质创制与产业化技术、畜禽新品种选育与健康养殖、生态农业与植物病虫害绿色防控、农产品质量安全与保鲜加工技术、农业生物技术与资源评价利用、现代农业经济与数字农业技术等八大优势学科(领域);与30多个国家或地区开展科技交流和合作研究;编辑出版《上海农业学报》、《食用菌学报》和《食用菌》等7种学术类、技术类刊物;重点培育种子种苗、食(药)用菌、生物疫苗三大科技产业;科技服务立足上海、辐射长三角，服务全国，在上海和全国各地建有新品种和技术示范基地170余个。50多年来，取得各类科技成果1340余项，获部、市级以上科技奖励成果349项，其中，国家级科技奖励23项，部、市级科技进步一等奖28项;获得专利和植物新品种权、通过审(认)定品种670余件，其中通过国家审(认)定品种45件;发表论文4770篇，出版专著和编著220余部;自2003年起连续十一年获上海市文明单位荣誉称号，2011年获全国文明单位荣誉称号。
面对新形势，市农科院将始终把科技创新作为立院之本，把加速农业科技进步、提升农业科技化水平作为根本任务，把促进农业稳定发展和农民持续增收作为根本宗旨，通过大力实施农业科技创新工程、推广应用科技成果、积极开展科技合作共建、全方位开展农民培训等有力措施，为推动上海城乡一体化发展，为上海率先实现农业现代化，为大力推进上海农业生态文明建设做出新的贡献。
