该院于1977年11月成立，1987年7月，经中共上海市委、上海市人民政府批准，实行独立建制。该院是上海应用技术研究与开发的重要力量，由直属单位和中央在沪单位组成。上海科学院涉及的技术领域主要有计算机科学技术、船舶和舰船工程、电子通讯与自控技术、光电子与激光技术、材料科学、机械工程与机电一体化、动力与电气工程、能源技术、绿色技术和生物与遗传优生等方面的研究和开发，以及科技管理、科技咨询和政策研究等软科学研究。